FC Sankt Margarethen je rakouský fotbalový klub z obce Sankt Margarethen im Burgenland ve spolkové zemi Burgenland. Byl založen v roce 1978 a v současnosti hraje v Regionální lize Východ, což je třetí nejvyšší úroveň rakouského fotbalu.

Domácím stadionem klubu je Sportplatz Sankt Margarethen s kapacitou 1 000 diváků. Klubové barvy jsou modrá a bílá.

Největším úspěchem klubu bylo vítězství v Burgenland Cupu v roce 2018. Ve stejné sezoně se klub také probojoval do finále Rakouského poháru, kde prohrál s Rapidem Vídeň.